Strax före hans död blev det mer allmänt känt att Gösta Engzell under andra världskriget gjorde betydande insatser i tjänsten för att rädda judar undan förintelsen. Från sommaren 1942 inkom till UD rapporter och skrevs i pressen om tyska massdeportationer av judar från ockuperade områden. Den i Berlin stationerade diplomaten Göran von Otter rapporterade uppgifter från Waffen-SS-officeren Kurt Gerstein om gasningar i ett tyskt koncentrationsläger i Polen, som han fått i slutet av augusti. Dessa rapporter ledde till en förändrad svensk politik beträffande att rädda judar, frågor som hanterades av utrikesdepartementets rättsavdelning under Gösta Engzell.
När det blev känt att tyska åtgärder mot judar i Norge planerades i oktober 1942 i syfte att deportera dem till Polen, påbörjade utrikesdepartementet systematiska åtgärder för att rädda offer, som sedan fortsatte under resten av världskriget och fick sin kulmen i Ungern 1944 med insatser av bland annat Raoul Wallenberg och Per Anger. Metoden det använde har betecknats som "byråkratiskt motstånd".[2] Verksamheten bedrevs i det tysta inom utrikesdepartementet, under medverkan av utrikesminister Christian Günther.[3]
”
Det är slående och ett faktum att bara genom att göra sitt jobb, genom att bestämma sig för att hjälpa oskyldiga judiska civila som hotas av deportering och död, så gjorde de svenska diplomaterna något som få andra ens försökte. De utnyttjade ett hål i den nazistiska ideologin som faktiskt funnits länge. Genom att göra detta räddade de människoliv.
Göran Andolf: ”Gösta Engzell” i Gunnar Artéus och Leif Leifland (red.): Svenska diplomatprofiler under 1900-talet, sid. 212–229. Probus, Stockholm 2001. ISBN 91-87184-58-3
Paul A. Levine: From Indifference to Activism: Swedish Diplomacy and the Holocaust, 1938–44. Doktorsavhandling, Historiska institutionen nr 178, Uppsala Universitet 1996
Henrik Arnstad: Spelaren Christian Günther: Sverige under andra världskriget, Wahlström Widstrand 2006, ISBN 91-46-21084-9,
Sveriges dödbok 1947–2006 (Cd-rom), Sveriges Släktforskarförbund
^Paul Levine, till exempel i föreläsning om Wallenberg och Engzell 1999-10-18
^Gösta Engzell ger instruktioner till ambassaden i Berlin i utrikesministerns namn i ett brev till legationen i Berlin 1942-11-30, Engzell brev nr 146, Riksarkivet UD Hp 21 An 1070/II, enligt källangivelse av Levine 1999-10-18
Kommendör med stora korset av Nordstjärneorden, 6 juni 1956.[5]
