Flygbasen byggdes under åren 1972 och 1975, och togs i bruk hösten 1975. År 1989 gjorde en större tillbyggnad av basen, då en ny drivmedelsanläggning för fordon, tvätthall, brandgarage och fordonsgarage uppfördes i anslutning till basen. Den 18 maj 2000 godkände luftfartsinspektionen flygbasen för civiltrafik.[3]
Den består av fyra flygfält och ingick i det avvecklade flygbassystemet Bas 90 och gick under FV-kod (Flygvapnet kod) Fält 49. Jokkmokks flygbas var den största basen i Bas90 systemet. Jokkmokks flygbas används av Flygvapnet som övningsflygplats för stridsflyg-, transport- och helikopterförband. Flygbasen skall dessutom kunna utnyttjas som tillfällig bas vid beredskapshöjningar.[4] Den 16 mars 2013 hölls den första flygövningen vid basen, då Norrbottens flygflottilj (F 21) övade vid sin krigsflygbas, med fokus på nationellt försvar.