Tommy Jönsson inledde sin karriär i GIF Nike och gick som 16-åring till Malmö FF, där han gjorde allsvensk debut 1994. Inför säsongen 1998 flyttade han till Halmstads BK. Efter att tidigare spelat som vänsterback flyttades han i Halmstad snart in som mittback. 2000 vann han allsvenskt guld med HBK och 2003 gjorde debuterade han i Sveriges landslag. Han blev 2004 även lagkapten i HBK, då han ersatte Petter Hansson. 2010 gick lagkaptens bindeln till Johnny Lundberg istället. Den 3 oktober2010 gjorde han sin 300:e match för HBK. Efter säsongen 2010 valde Jönsson att lägga av med fotbollen och istället satsa på en civil karriär som privatekonomisk rådgivare.
