Den nuvarande järnvägsstationen byggdes 1983 och ersatte en äldre, ritad av Adolf W. Edelsvärd inför järnvägens invigning 1864. Statens Järnvägar (SJ) och Jönköpings kommun beslöt riva stationen 1981 och ersätta den med en modern terminal ritad av Carl Nyrén. För några år sedan byggdes det ytterligare en ny vänthall för bussar och tåg i anslutning till stationshuset.
Banverket planerar att i framtiden lägga en ny snabbtågsbana från Göteborg C till Stockholm C, via Borås, Jönköping, Linköping och Norrköping. Den kallas Götalandsbanan och det kommer troligen att byggas en ny station i de södra delarna av Jönköping där tågen på Götalandsbanan kommer att stanna. Den nya banan väntas stå färdig runt år 2030.