Muñoz spelade som mittfältare och tillbringade större delen av sin aktiva spelarkarriär i den spanska storklubben Real Madrid och blev därefter en av de framgångsrikaste tränarna i klubbens historia.[2] Han ledde laget till två Europacupen (idag kallad Uefa Champions League) titlar och nio La liga titlar.
Efter sin tid i Real Madrid var Muñoz tränare för tre spanska klubbar. Han uppnådde dock inga meriter med dessa lag.