Redan under slutet av 1700-talet fanns planer på att bygga ett kapell på Runmarö, men det dröjde ända till 1900-talet innan planerna förverkligades. Efter en donation bildades senhösten 1947 Runmarö kapellstiftelse. 1958 invigdes kyrkogården med klockstapel och kyrkklocka.
Kapellet uppfördes av furu efter ritningar av arkitektGösta Uddén. Vid midsommartid 1973 invigdes kapellet av kontraktsprostKarl Gustaf Rinder.
Kyrkorummets kor har ett stort fönster mot naturen utanför som får fungera som altartavla.