Under sin debutsäsong 2008 i Falkenbergs FF fick han sitt genombrott i Superettan, där han på 27 matcher räddade flest skott (143) av samtliga målvakter. Efter fem säsonger i Falkenbergs FF valde Lukic att inte förlänga sitt kontrakt med klubben.
Inför säsongen 2013 skrev Lukic på för Halmstads BK i Allsvenskan.[2] Hans debut i Allsvenskan samt för Halmstad kom i premiären av Allsvenskan 2013 mot Malmö FF som slutade 1–1. Den 27 november 2016 skrev Stojan Lukic på ett kontrakt med Örgryte IS som sträcker sig över säsongen 2018.[3]