Stefan Karlsson skrev på för Öster under säsongen 2008 när laget spelade i division 1. Han tog en startplats direkt och har därefter spelat regelbundet i lagets startelva, frånsett säsongen 2011 då han tillfälligt fick konkurrens av Emil Krafth.
Den 5 januari2014 skrev Karlsson på för tre säsonger med Djurgårdens IF.[3] Den 24 juli2016 bytte han klubb till den allsvenska konkurrenten Östersunds FK. Den 3 januari2017 skrev Karlsson ett tvåårskontrakt med Jönköpings Södra IF.[4] Efter degraderingen från Fotbollsallsvenskan 2017 så bröt Karlsson sitt kontrakt med Jönköpings Södra IF.[5]
Den 9 januari2018 presenterades Karlsson med ett treårskontrakt för Östers IF. [2]
Österhaninge, Sverige
