Agarosgelelektrofores

Agarosgelelektrofores är en speciell sorts elektrofores. Elektrofores-metoden används för att analysera makromolekyler. I en gelelektrofores placeras ett elektriskt fält över en gjutplatta och man utnyttjar fenomenet med att molekyler som är olika stora, olika laddade eller olika massa vandrar olika långt. Det som skiljer agarosgelektrofores från andra elektrofores metoder är att man använder agaros, en speciell organisk linjär polysackarid.

Agarosgelektrofores med DNA

En vanlig metod för att analysera DNA är att använda agrosgelektrofores. Vanligtvis använder man restriktionsenzymer som är ett speciellt sorts DNA som klyver DNA-kedjan och skapar mindre mer lätt hanterade bitar. Vanligtvis klipper restriktionsenzymer vid DNA-palindrom, men det finns undantag. För att genomföra en elektrofores behöver man förbereda en agarosgel som sedan kyls ner och bildar en sorts tvålliknande kaka. När agarosgelen fortfarande är mjuk placerar man en kam i gelen. Denna kam bildar brunnar som man senare kommer hälla ner sitt klyvna DNA i. Gelkakan placeras i ett elektroforeskärl och en buffert hälls på. Först nu bör tas kammen tas bort då brunnarna annars riskera att skadas. DNA:t bör blandas med laddningsfärg innan det placeras i brunnarna, vanligtvis med en mikropipett. När sedan en spänning placeras över gelen kommer DNA-delarna börja vandra. Anledningen är att DNA-molekylen är lätt negativt laddad och kommer vandra mot den positiva polen. Långa DNA-delar kommer bromsas mer av gelen, medan kortare fragment vandrar snabbare genom gelen. Är laddningsfärgen UV-reaktiv kan man sedan se hur långt DNA:t vandrar om det belyses med UV-ljus. Varje längd motsvarar en längd på DNA-molekylen och varje streck kallas band.

DNA belyses med UV-ljus efter de genomgått agaroselektrofores.