* Antal matcher och mål i proffsklubbar räknas endast för de inhemska ligorna och är korrekt per den 11 mars 2012. ** Antal landskamper och mål är korrekta per den 25 juli 2011.
Villar spelade sina första A-lagsmatcher för Paraguyanska klubben Sol de América där han hade en av Paraguays bästa målvakter genom tiderna, Ever Hugo Almeida, som tränare. Villar värvades till storklubben Club Libertad där han var med om att vinna Paraguyanska fotbollsmästerskapen 2002 och 2003. 2004 flytade han till den argentinska klubben Newell's Old Boys där han vann apertura 2004-titeln. Samma år utsågs han till Paraguays främste fotbollsspelare. Från och med 2008 representerar han Real Valladolid i La Liga i Spanien.
Villar har gjort över 50 landskamper. Han representerade Paraguays herrlandslag i fotboll i VM 2006 i Tyskland. Villar inledde i mål men skadades efter bara sju minuter i första matchen och kunde därefter inte delta.