Giovanni fortsatte byggandet av Sankt Markusbasilika men hade en i övrigt problemfylld regeringstid. Det första problemet Giovanni stod inför var återkomsten av den tidigare dogenObelerio degli Antenori 831 efter tjugo år i exil. Giovanni lyckades dock, så småningom, slå ned upproret. Obelerio dödades och hans huvud visades upp.
Giovanni Participazio styrde diktatoriskt sitt rike, något som gjorde att uppretade adelsmän avsatte honom 836.