Han blev säsongen 2003 utsedd till "Årets Järnkamin" av supporterföreningen Järnkaminerna. I Djurgården, där han var lagkapten med tröja 12 och oftast mittback, gjorde han under de nio säsongerna (1996-2004) totalt 165 seriematcher (med 2 mål) där statistik från år 1997 inte är inräknat, varav 124 av matcherna i Allsvenskan. Därefter packades bagaget till Tyskland för ett år i den tyska andradivisionen i laget Rot-Weiss Essen. Sedan fortsatte karriären med 28 ligamatcher (varav 22 från start) med norska Stabæk IF. I slutet av juni 2007 skrev Karlsson på för en och en halv säsong med IF Brommapojkarna där han gick rakt in i startelvan som mittback med debutmatchen hemma mot Gefle den 1 juli2007. Efter säsongen 2007 stod det klart att Brommapojkarna flyttades ner till Superettan. Markus Karlsson stannade kvar i laget och tröjnumret ändrades från 25 till 3. Karlsson spelade i BP till och med säsongen 2009, då han vid 37–38 års ålder avslutade sin spelarkarriär. Under år 2011 fortsatte Karlsson i IF Brommapojkarna som ledare. [1].
Inför säsongen 2013 gjorde Karlsson comeback och kommer spela för IFK Lidingö FK.
IFK Lidingö FK (2013- )
Stabæk IF (2005-2006)
Rot-Weiss Essen (2005)