DNA-streckkodning

Från Wikipedia
Hoppa till: navigering, sök

DNA-streckkodning[1] är en taxonomisk metod som använder en utvald genetisk markör i organismens DNA för att identifiera den som tillhör en särskild art.

Det huvudsakliga målet för DNA-streckkodning är att identifiera ett okänt prov med hjälp av en redan existerande klassificering. Målet med andra genomiska analyser är ofta att undersöka släktskap mellan organismer genom att hitta mönster av likartade genetiska avsnitt i arvsmassan, och dennes förändringar (molekylär fylogeni).[2]

Olika DNA-fragment har föreslagits för streckkodningsmetoden. För många organismer är en delmängd av mitokondrie-DNA (mtDNA) lämplig som streckkod - den innehåller oftast inga introner (förutom i svamp) och är bara i mycket liten utsträckning föremål för rekombination. Av de proteinkodande generna i mtDNA använder man som standard för streckkod en omkring 600 baspar (förkortat bp) lång region av genen för subenheten I av cytokrom c oxidas (COI eller COX1),[3] eftersom denna gen har fler skillnader mellan arter än andra mitokondriella gener.

För att skapa en godkänd och giltig streckkod för en art ställs följande kriterier: flera säkert bestämda individer ska användas för sekvensering, alla individer ska fotograferas, insamlingslokal och datum ska anges, och streckkodssekvensen ska vara framtagen. När detta är uppfyllt görs informationen tillgänglig i databasen BOLD (Barcode of Life Database) som enbart ägnar sig åt DNA som verktyg för artbestämning. Inom BOLD finns möjlighet att ha nationella referenssystem för varje land eller region vilket är mycket värdefullt, eftersom arter kan variera mycket eller lite beroende på hur populationer avgränsas och på arters utbredningsområden.[4]

En översikt över DNA-streckkodning och hur det går till i praktiken ges av forskare vid Naturhistoriska Riskmuseet [5], [6], Sveriges Lantbruksuniversitet (SLU) [7] och SweBOL http://swebol.org/ Metoden börjar testas i miljöövervakning, för att identifiera och övervaka organismer, alltifrån bakterier till älgar, enstaka individer till hela mångfalden, och deras aktivitet i naturen. [8], [9] Metoden utvecklas med målet att få fram en kostnadseffektiv, snabb, exakt, och objektiv miljöövervakning. Dessutom är DNA-streckkodning ibland den enda möjligheten att övervaka vissa organismer eller aktiviteter, t.ex. klövdjursbetning. Provtagningen påverkar vanligtvis miljön mindre eller inte alls jämför med traditionell provtagning av t.ex. fisk, och organismer kan även spåras när de inte finns på platsen.


Referenser[redigera | redigera wikitext]

  1. ^ Hebert, Paul D. N.; Cywinska, Alina; Ball, Shelley L.. ”Biological identifications through DNA barcodes” (på en). Proceedings of the Royal Society of London B: Biological Sciences 270 (1512): sid. 313-321. doi:10.1098/rspb.2002.2218. ISSN 0962-8452. http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/270/1512/313. Läst 21 juli 2015. 
  2. ^ Kress, W. John; Wurdack, Kenneth J.; Zimmer, Elizabeth A.. ”Use of DNA barcodes to identify flowering plants” (på en). Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 102 (23): sid. 8369-8374. doi:10.1073/pnas.0503123102. ISSN 0027-8424. http://www.pnas.org/content/102/23/8369. Läst 21 juli 2015. 
  3. ^ Brede, Nora; Steinke, Dirk. ”DNA-Barcoding. Taxonomie des 21. Jahrhunderts” (på en). Biologie in unserer Zeit 36 (1): sid. 40-46. doi:10.1002/biuz.200410302. ISSN 1521-415X. http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/biuz.200410302/abstract. Läst 21 juli 2015. 
  4. ^ Strand, Malin (2012). En svartvit streckkod på labbet – en hjälp för fältbiologen att artbestämma. Fauna och Flora, nr. 4, pdf.
  5. ^ Bergsten, Johannes (2014). DNA-streckkodning – så går det till. Naturhistoriska Riksmuseet, Bi-lagan nr 1 mars 2014, [1].
  6. ^ Englund, Markus (2014). Konsten att göra en höna av en fjäder – DNA-streckkoder i praktiken. Naturhistoriska Riksmuseet, Bi-lagan nr 1 mars 2014, [2].
  7. ^ Froster, Anna (2014). Streckkodning av gener. Miljötrender, november 2014, ”Arkiverade kopian”. Arkiverad från originalet den 5 mars 2016. https://web.archive.org/web/20160305190628/http://www.slu.se/sv/om-slu/fristaende-sidor/aktuellt/alla-nyheter/2014/11/las-om-smartare-miljoanalys-i-senaste-miljotrender/. Läst 8 december 2014. .
  8. ^ Kahlert, Maria (2014). Barcoding i miljöanalysen vid SLUs Temadag miljöanalys 18.11.2014, ”Arkiverade kopian”. Arkiverad från originalet den 20 mars 2015. https://web.archive.org/web/20150320011703/http://www.slu.se/sv/om-slu/fristaende-sidor/aktuellt/alla-kalenderhandelser/2014/11/temadag-miljoanalys-framtidens-metoder/. Läst 8 december 2014. .
  9. ^ Kahlert, Maria (2014). SLU-nätverk för DNA-barcoding, ”Arkiverade kopian”. Arkiverad från originalet den 2 augusti 2014. https://web.archive.org/web/20140802111746/http://www.slu.se/sv/institutioner/vatten-miljo/forskning/dna-barcoding/. Läst 8 december 2014. .