Lista över sjöar i Japan

Denna lista över naturliga sjöar i Japan innehåller sjöar med area större än 4 km².

Nr	Namn	Prefektur	Area (km²)	Höjd (m ö.h.)	Strandlinje (km)	Största djup (m)
1	Biwako (琵琶湖)	Shiga	669,3	85	241	103,8
2	Kasumigaura (霞ヶ浦)	Ibaraki	168,1	0	120	7,1
3	Saromako (サロマ湖)	Hokkaido (Okhotsk)	151,6	0	87	19,6
4	Inawashiroko (猪苗代湖)	Fukushima	103,2	514	50	93,5
5	Nakaumi (中海)	Shimane	85,8	0	105	17,1
6	Kussharoko (屈斜路湖)	Hokkaido (Kushiro)	79,5	121	57	117,5
7	Shinjiko (宍道湖)	Shimane	79,2	0	47	6,0
8	Shikotsuko (支笏湖)	Hokkaido (Ishikari)	78,5	247	40	360,1
9	Tōyako (洞爺湖)	Hokkaido (Iburi)	70,7	84	50	179,7
10	Hamanako (浜名湖)	Shizuoka	64,9	0	114	13,1
11	Ogawarako (小川原湖)	Aomori	62,0	0	47	24,4
12	Towadako (十和田湖)	Aomori & Akita	61,1	400	46	326,8
13	Fūrenko (風蓮湖)	Hokkaido (Nemuro)	59,0	0	94	13,0
14	Notoroko (能取湖)	Hokkaido (Okhotsk)	58,2	0	33	23,1
15	Kitaura (北浦)	Ibaraki	35,0	0	64	7,0
16	Akkeshiko (厚岸湖)	Hokkaido (Kushiro)	32,3	0	25	11,0
17	Abashiriko (網走湖)	Hokkaido (Okhotsk)	32,3	0	39	16,1
18	Hachirōgata chōseichi (八郎潟調整池)	Akita	27,7	0	35	12,0
19	Tazawako (田沢湖)	Akita	25,8	249	20	423,4
20	Mashūko (摩周湖)	Hokkaido (Kushiro)	19,2	351	20	211,4
21	Jūsanko (十三湖)	Aomori	18,1	0	28	1,5
22	Kutcharoko (クッチャロ湖)	Hokkaido (Soya)	13,3	0	30	3,3
23	Akanko (阿寒湖)	Hokkaido (Kushiro)	13,0	420	30	44,8
24	Suwako (諏訪湖)	Nagano	12,9	759	17	7,6
25	Chūzenjiko (中禅寺湖)	Tochigi	11,8	1.269	22	163,0
26	Ikedako (池田湖)	Kagoshima	10,9	66	15	233,0
27	Hibarako (檜原湖)	Fukushima	10,7	822	38	30,5
28	Hinuma (涸沼)	Ibaraki	9,4	0	20	3,0
29	Inbanuma (印旛沼)	Chiba	8,9	1	44	1,8
30	Tōfutsuko (涛沸湖)	Hokkaido (Okhotsk)	8,3	1	27	2,4
31	Kumihamawan (久美浜湾)	Kyoto	7,2	0	23	20,6
32	Koyamaike (湖山池)	Tottori	7,0	0	18	6,5
33	Ashinoko (芦ノ湖)	Kanagawa	6,9	725	19	40,6
34	Yamanakako (山中湖)	Yamanashi	6,8	981	14	13,3
35	Tōroko (塘路湖)	Hokkaido (Kushiro)	6,3	8	18	6,9
36	Matsukawaura (松川浦)	Fukushima	5,9	0	23	5,5
37	Sotonasakaura (外浪逆浦)	Ibaraki och Chiba	5,9	0	12	23,3
38	Kawaguchiko (河口湖)	Yamanashi	5,7	831	18	14,6
39	Onnetō (温根沼)	Hokkaido (Nemuro)	5,7	1	14	6,7
40	Takahokonuma (鷹架沼)	Aomori	5,7	0	22	7,0
41	Inohana (猪鼻子)	Shizuoka	5,4	0	14	16,1
42	Ōnuma (大沼)	Hokkaido (Oshima)	5,3	129	21	11,6
43	Komukeko (コムケ湖)	Hokkaido (Okhotsk)	4,9	1	23	5,3
44	Kamoko (加茂湖)	Niigata	4,9	0	17	9,0
45	Asokai (阿蘇海)	Kyoto	4,9	0	16	13,0
46	Koetoiōnuma (声問大沼)	Hokkaido (Soya)	4,9	1	10	2,2
47	Motosuko (本栖湖)	Yamanashi	4,7	900	11	121,6
48	Kuttarako (倶多楽湖)	Hokkaido (Iburi)	4,7	258	8	148,0
49	Nojiriko (野尻湖)	Nagano	4,4	657	14	38,3
50	Suigetsuko (水月湖)	Fukui	4,2	0	11	33,7
51	Kahokugata (河北潟)	Ishikawa	4,1	0	25	4,8
52	Teganuma (手賀沼)	Chiba	4,1	3	37	3,8
53	Tōgōike (東郷池)	Tottori	4,1	0	13	3,6