São Tomé är huvudstad i staten São Tomé och Príncipe. Med 56 945 invånare (2008) är den landets i särklass största stad. Den grundades av Portugal1485 och är uppbyggd kring en katedral från 1500-talet. En annan gammal byggnad är fortet São Sebastião som byggdes 1575 och numera inrymmer São Tomés nationalmuseum. Namnet São Tomé är portugisiska för "Sankt Tomas".