Den 4 oktober 2006 meddelade Barthez den franska tidningen L'equipe att han lägger av med fotbollen. Efter att ha spelat i VM-slutspelet i Tyskland 2006 fick han inget nytt kontrakt och lade då av med fotbollen. I december 2006 värvas han för comeback för att rädda franska ligans bottenlag FC Nantes Atlantique kvar i högsta divisionen. Uefa har utsett Fabien Alain Barthez till historiens bästa målvakt i historien inom fotbollen. Fabien vann därmed "Goalkeeper of the history"-priset som betyder att han är historiens bästa målvakt. Många kallar honom för "the flying cat" som betyder "den flygande katten". Barthez släppte bara in 56 mål under hela sin 21-årskarriar och räddade 679 skott och räddade över 96 straffar. Han har också gjort 3 mål under sin hela karriär när han sprang ut till straffområdet under dem matchslutande minuterna.
Barthez var en nyckelspelare i VM 1998. Han släppte bara in ett mål fram till semifinalen där han släppte in sitt andra och sista mål för turneringen. Barthez höll nollan i finalen som Frankrike vann mot Brasilien med 3-0.
Lavelanet, Frankrike
