Wærn blev student vid Uppsala universitet 1869, medicine kandidat där 1874, medicine licentiat vid Karolinska institutet 1878 samt medicine doktor 1885 på avhandlingen Om difteriens och strypsjukans uppträdande i Sverige. Efter att ha verkat som underläkare dels vid Kronprinsessan Lovisas vårdanstalt, dels vid Allmänna Barnhuset, båda i Stockholm, förordnades han 1884 att bestrida e.o. professuren i pediatrik vid Karolinska institutet, tillträdde densamma 1885 och var ordinarie professor i pediatrik 1909-1914. Som överläkare vid Kronprinsessan Lovisas vårdanstalt (1892-1914) inlade han stor förtjänst vid anstaltens ombyggnad mot slutet av 1890-talet. Han var även framstående som lärare i pediatrik och utförde omfattande och betydelsefullt arbete för barnavårdens befrämjande och barnsjukdomarnas bekämpande.
