* Antal matcher och mål i seniorlag räknas endast för de inhemska ligorna och är korrekt per den 4 mars 2017. ** Antal landskamper och mål är korrekta per den 3 september 2016.
Layún började sin proffskarriär i Veracruz. Som 21-åring 2009 lämnade han Veracruz som spelade i andradivisionen, för italienska Atalanta. Han blev där den första mexikanska spelaren att spela i Serie A, efter att den 27 september 2009 gjort sin debut i en 1–1 match mot Chievo där han blev inbytt i den 82:a minuten mot Jaime Valdés.[2] Han spelade endast två matcher för Atalanta i Serie A och återvände året efter till Mexiko och Club América.
I sin nya klubb blev han kritiserad för sina insatser och hade en egen hashtag #TodoEsCulpaDeLayun, vilket kan översättas till "Allt är Layúns fel".[3] Han överbevisade dock sina kritiker och satte bland annat den avgörande straffen i finalen av Clausura 2013 mot Cruz Azul.