Församlingen har medeltida ursprung. På 1500-talet utbröts Skövde landsförsamling och församlingen fick namnet Skövde stadsförsamling. 1916 sammanslogs församlingarna och återfick namnet Skövde församling. Samtidigt utbröts Öms församling som 1974 införlivades.
Församlingen var till 1500-talet moderförsamling i pastoratet Skövde, Ryd, Våmb, Hagelberg, Kyrketorp, Sventorp, Suntetorp och Forsby. Från 1500-talet till 1916 moderförsamling i pastoratet Skövde stadsförsamling, Skövde landsförsamling, Ryd, Våmb, Hagelberg och (Norra) Kyrketorp som även till 1862 omfattade Sventorps, Suntetorps och Forsby församlingar. Från 1916 till 1962 moderförsamling i pastoratet Skövde, Öm, Ryd, Hagelberg, Norra Kyrketorp och Våmb. Från 1962 till 2014 moderförsamling i pastoratet Skövde, Ryd och Våmb som till 1974 även omfattade Öms församling.[2] I församlingen införlivades 2014 Ryds och Våmbs församlingar och Skövde församling utgör därefter ett eget pastorat.[3]