Sedan Gruntilda hade blivit besegrad av Banjo och Kazooie byggs det en mekanisk kropp åt henne. Denna intas av Gruntildas själ och det gör att hon kan få sin hämnd på Banjo och Kazooie. Gruntilda kidnappar Kazooie och åker tjugo år bakåt i tiden, för att förhindra mötet mellan Banjo och Kazooie. Mumbo Jumbo hjälper då Banjo att också åka bakåt i tiden. Väl där återförenas han ganska snabbt med Kazooie och tillsammans kan de nu besegra Gruntilda ännu en gång.
