Samma år som han föddes ingick föräldrarna äktenskap och tillsammans bodde de på gården Blinkarp nummer 1. Fadern Hans Nilsson Lilja föddes 28 november 1785 i Norrvidinge. Han var, förutom jordbrukare, upplärd skomakare, murare och timmerman samt även en ansedd naturläkare. Vid faderns död 1856 insände Lilja en minnesteckning till Öresunds Posten, i vilken han beskrev fadern bland annat på följande sätt:
Anspråkslöst och oegennyttigt uppoffrade han mycket af sin bästa tid och sjelva den sena ålderdomen åt sina lidande medmenniskor. Natt och dag ilade han med lika beredvillighet och med samma sällsporda nit även till långt avlägsna ställen, för att vara de sjuka till tröst och de behövande till råd eller vederkvickelse.[5]
Modern Bengta Persdotter föddes 22 juli 1783 i Blinkarp. I februari 1852 avled hon, och trots att hon inte gavs lika mycket plats i Liljas skrifter som fadern, beskrevs hon bland annat av sin son som "gudfruktig i ordets vackraste bemärkelse".[6]
År 1824 började Lilja sina studier vid Malmö Lärdoms och apologis skola, idag Latinskolan. Vid ett tillfälle under vårterminen 1828 fick han nedsatt sedebetyg, detta för "att han, som hade goda anlag för teckning och målning, för kamraterna i skolan förvisat en af honom tecknad karikatyrbild, föreställande två gubbar med glas i hand. Texten under denna teckning ansågs innebära en grof förolämpning mot skolans rektor och inspektor."[7] M. E. Areskoug, som var elev samma tid som Lilja vid Latinskolan, och beskrev honom som "en ovanligt skicklig botanist" och att han även gjort sig omtyckt som skald.[7]
Under vårterminen 1829 stod Lilja inskriven som student vid universitetet i Lund, där han tillhörde Skånska nationen. Han avsikt var att studera till präst, och läste därför inledningsvis teologi, och fick även privatlektioner av Peter Wieselgren. Wieselgren uppmanade Lilja att disputera, men på grund av att behöva försörja sig valde Lilja att arbeta hos befallningsman Kinberg i Sonnarp, inte långt ifrån sina hemtrakter. Härifrån skrev han till Wieselgren, och förklarade att han hade planer på att följa de goda råden, men "den öfverdrifna lusten att beskåda naturen, min eviga kärlek för poesien, som snart sagt är en passion hos mig som endast graven kan släcka, hindrade mycket min läsning i latinet, jag vandrade omkring och tog skaldeböckerna med mig, som jag egde och läste och åter läste."[7]
Höstterminen 1830 avlade Lilja examen inför den teologiska fakulteten. Denna var obligatorisk, och blev den enda som han avlade vid universitetet. De följande åren kantades av svag privatekonomi och sjukdom. 1832 nämns det att han låg på lasarettet och vårdades för en ögonsjukdom, och tack vare stöd av bland andra Carl Georg Brunius och Sven Nilsson fick Lilja flera små stipendier tilldelade sig, bland andra det Faltzburgska. Vid återkomsten till universitetet hade han helt ändrat bana. Inte längre skulle han studera till präst, utan läste istället ämnen som botanik, geologi, kemi, vitterhet, stadskunskap och filosofi. 1843 noterades det att "klockarelägenhet ägdes", vilket innebar att Liljas 14 år vid universitetet var till ända.
När det annonserades efter en ny klockare i Billinge i början på 1840-talet var Lilja en av tre sökande. Fastän han hade tredje plats i ordningen, var det han som med klar majoritet som blev utnämnd till byns nya klockare efter avlagt prov. Redan sommaren efter tillträdet som klockare, hade han startat en annan verksamhet på klockarebostället. Trädgård och växthus anlades, fröer och plantskolealster såldes. En form av förening bildades, där det gick att köpa andelar och avkastningen bestod av fröer och plantor. I samband med denna verksamheten gav han också ut "Tidning för trädgårdsskötsel och allmän wextkultur" Det framgår tyvärr inte i källorna hur utfallet för denna verksamhet blev, men värt att uppmärksamma i sammanhanget är att vid inspektion av den nya klockaregården, byggd 1908 på samma plats, anmärktes det på att "Trädgården med park omkring gården har många fruktträd samt mindre vanliga ornaments- och buskväxter."[6] Fester på gården anordnades för bygdens folk; "Skogsparti och Wauxhall med blomsterexposition, ekläring, fyrverkeri och bal hos N Lilja i Billinge"[8] som annonserna förkunnade. Liljas fester uppskattas av folket i byn, och dessa kunde till och med bli omskrivna i tidningar. Men trots allt förblev Lilja missnöjd med tjänsten som klockare, och i perioder av varierande längd såg han till att ordna en ersättare i sitt ställe, då han själv vistades på annan ort.[9]
I sin frånvaro av klockartjänsten engagerade han sig i skrivandet. Till tidningar skickade han in arbeten, bland mycket annat skaldestycken och hyllningar. Efter en uppmaning av en svensk amerikapräst att präster och studenter skulle resa över för att gå i kyrkans tjänst, fick Lilja upp ögonen för en Amerikaresa. Men han hade bekymmer med finansieringen; amerikaprästen själv ville inte betala för de resande. En insamling bland Liljas vänner uppmuntrades av P. Genberg, men något resultatet är inte känt. Slutligen bestämde sig Lilja själv för att ordna med resefinanserna, och 1847 fick han fyra års tjänstledigt efter ansökan hos Kungl Maj:t.[10]
Seglatsen blev dock inte av. Lilja reste till Malmö och engagerade sig där som skribent på olika tidningar, på Malmö Tiding åren 1852–1853 och på Malmö Allehanda de två efterföljande åren.[11] I oktober 1853 blev Nils Lilja engagerad av Filosofie Magistern Johan Damm att "bidra med översättningar, artiklar över allmännare ämnen, skämtsamma småbitar m. m." i dennes dagstidning Malmö nya Handels- och Sjöfartstidning.[12] Förutom tidningsskrivande höll han även föredrag för allmänheten, inte bara botaniska fördrag som det först talades om, utan, som Axel Törje uttrycker det: "Liljas fantasi hade fått fritt spelrum, han synes vilja avhandla det mesta mellan himmel och jord. Hans tilltro till sin egen förmåga var utan gräns och hans tro på allmänhetens intresse för vetande och upplysning var övermåttan stor."[13]
Lilja var tillbaka som klockare i Billinge kyrka påskdagen 1855. Dock innebar detta inte att han övergav att skriva och publicera; fortsättningsvis skickade han insändare till olika tidningar, framförallt Öresunds Posten, där han även skulle komma att bekanta sig med redaktör Borg. Scenbytet från storstaden till skånska landsbygden föll inte Lilja i smaken, och han uttryckte i brev till sina vänner hur illa han trivdes. Men den nya vardagen gav möjlighet till storheter, och 1858 kunde Lilja lämna in första utgåvan av Menniskan till förlag, i detta fallet Albert Bonniers. Denna bok, som trycktes i flera utgåvor, var den som gav författaren störst framgång. Dock kom framgången inte utan kritik. Som redaktör för Folkets Tidning riktade Christian Bülow syrlig kritik, och menade bland annat att "Lilja borde ägna sig åt något annat än att skriva böcker, ty den som ingen hyfsning fått, gör bättre om han tiger."[14] Dispyten skulle dock inte stå i vägen för att de senare skulle mötas i en vänskap, något som bekräftas av en vackert språkligt utsmyckad dödsruna publicerades i Folkets Tidning dagen efter Liljas bortgång.[15]
I försommartid år 1861 drogs Lilja in i dispyt i egenskap av klockare. I samband med att socknens kyrkoherde avled, tillträde nådeårspredikanten Olof Andrén. Han berömde den vackra naturen i Billinge, men underkände det sedliga livet på orten. Efter ett tidskrävande och hårt arbete lyckades han vända den nedåtgående trenden, och kyrkans rum fylldes åter av befolkningen. Dock passade socknens klockare och dennes frispråkiga sinne inte in i bilden, enligt Andrén. Så spänt blev det, att redan på hösten samma år ansökte Lilja om ett halvårs tjänstledighet, med sjukdom som skäl. Men förfrågan utvecklades till diskussion, en som slutade i att Lilja istället blev beviljad tjänstledighet för livet. Diskussionen urartade, och "gav upphov till en bitter strid, som i sin tur ledde till att Lilja på kyrkostämma den 3 maj 1863 blev avskedad. Stämman var talrikt besökt. Man och man emellan hade Liljas angelägenheter livligt ventilerats, man väntade skandal och blev häri ej besvikna."[16]
Andrén använde sig av Liljas osedliga livsstil som skäl till uppsägning. Liljas partner vid tillfället, Cecilia Persdotter, uppsöktes av Andrén och gav honom ett erkännande angående deras relation. Lilja förnekade inte deras samröre, utan förklarade "att mans och kvinnas naturliga rättigheter stod före och över de frihetsinskränkande och trångsinnade synpunkter som kristendomen lade härpå."[16]
Turerna fortsatte, röster från Röstånga höjdes med krav på Liljas avsked. Lilja pekade på att stämman inte hade laga rätt att godkänna tjänstledighet i mer än sex månader, men fick tots det till slut klockaren avskedad. Domen i maj 1863 lydde:
Då klockare Lilja enskilt af pastor och äfven af pastor i närvaro af Billinge kyrkas föreståndare blifvit allvarsamt och beskedligt förmanad, utan att han dock sig rättas låtit; då vidare viktiga grunder, hämtade från allmännelig kännedom om Lilja inom församlingarne blifvit anförda för Liljas afsättning: så och med stöd af kyrkolagens 24 cap 33 § förklara hr Nils Lilja ifrån klockaresysslan i Billinge och Röstånga församlingar afsatt.[17]
Lilja, som då uppehöll sig i Helsingborg, överklagade till Domkapitlet omgående. Han anklagade André för sektliknande förhållande i församlingen, och att han utövade förföljelse mot Lilja. De anklagelser som hade framförts på kyrkostämman vid Liljas avsked, hade förvrängts av Andrén och inte alls stämt överens med hur verkligheten faktiskt hade tett sig. Redan tidigare hade de båda kommit överens om bland annat att Liljas relation med Cecilia Persdotter inte skulle inför hela församlingen förkunnas, ett löfte som Andrén alltså inte höll. I oktober 1863 beslöt Domkapitlet att stämmobeslutet angående Liljas uppsägning skulle upphävas. Några församlingsbor överklagade detta beslut till Kungliga Majestät, men denna avslogs. Till nyåret 1865 skrev Lilja några verser i Öresunds Posten tillägnade kungen som för tack för hjälpen. Vid tillfället för Domkapitlets beslut om att upphäva Liljas uppsägning, hade Andrén redan lämnat Billinge för en utnämning till kyrkoherde i Asarum.[18]
Liljas sista tio år i livet skulle också komma att bli hans allra mest produktiva. 1866 var han sysselsatt på Malmö Handels- och Sjöfarts-tidning. Många av de artiklar han skrev behandlade religiösa ämnen, och under 1860-talet gav Lilja ut några av sina mest betydande religiösa texter, bland andra Kristendomen (1860), Kristna läran och prestläran (1862), och Den fria församlingens kateches (1869). Det sistnämnda verket har underrubriken Försök till en unitarisk-parkersk bekännelseskrift, är baserad på Parkers ord och var ett försök till ett grundande av en unitarisk församling.[19][20]
Hans allmäntillstånd blev allteftersom sämre, och på grund av otillräcklig inkomst uppmanades det till flera insamlingar för att bistå Lilja och hans familj i den svåra tiden. På hösten 1870 lades han in på lasarettet i Lund, och i november samma år gick ett brev i tryck som kunde läsas:
D:r N. Lilja ligger svårt sjuk på Lunds lazarett och det är att befara att hans sjukdom kan räcka länge. Af plågor och bekymmer nedtryckt, har han inte annan utväg att skaffa sig tillgång till de utgifter, vistandet på sjukhuset kan medföra och till familjens nödtorftiga behof än att anhålla om understöd af barmhertiga medmenniskor. Med anledning deraf har han anmodat undertecknade att framföra denna hans bön till dem af landets literatörer och publicister, hvilka skulle hysa deltagande för den gamle lidande mannen och hafva tillfälle meddela något understöd. Vi våga derföre å hans vägnar vända oss till Eder, och derjämte det vi intyga D:r Liljas nödställda belägenhet, vördsamt underrätta, att, om Ni skulle vilja hafva godheten behjerta detta förhållande och till någon af oss insända något bidrag, skall detta strax till D:r Lilja blifva öfverlemnadt.[21]
Brevet undertecknades av överstelöjtnant E. Engman och boktryckare B. Cronholm. Vad resultatet blev går ej att utläsa. Den 19 december 1870 avled Lilja 62 år gammal, i sviterna av lunginflammation.[22]
Nils Lilja gifte sig första gången 30 december 1835 med Maria Catharina Eek (1808–1854), andra gången 22 januari 1855 med Gustafva Maria Björnberg (1821–1857) och tredje gången 18 september 1858 med Helena Maria Neuman (1833–1914). I första giftet föddes fem barn, i andra giftet sex barn och i tredje giftet fyra barn.
Bokens titelsida.Sjätte upplagans omslag.Ett exempel på en kommentar gjord av Karl af Geijerstam.
Verket Menniskan; Hennes uppkomst, hennes lif och hennes bestämmelse. Ur naturhistorisk synpunkt betraktad. kan med sina fem svenska utgivningar (1858, 1859, 1861, 1868 och 1889) tituleras som Liljas mest uppskattade verk. Första upplagan är 309 sidor stort, och störst är fjärde upplagan på 454 sidor.[23] Femte upplagan omarbetades delvis av Karl af Geijerstam och gavs alltså ut 19 år efter Liljas död. Detta var även det verket som trycktes och utgavs på svenska för amerikasvenskar av Swedish Book Company och Waverly Publ. Co i Chicago år 1896.[24] I förordet till den amerikanska versionen framgår det att den är utrustad med ytterligare illustrationer och att den norsk-amerikanska journalisten R. S. N. Sartz översatt boken till det "dansk-norska språket".[25]
Boken har ett upplägg som ska ge läsaren kunskap om vad som helst som kan beröra läsaren. Indelad i 32 kapitel presenterar den vitt skilda ämnen som naturhistoria ("Jordklotets bildning", "Jordklotets utvecklingsperioder"), biologi ("Cellen och metamorfosläran", "Kroppsformen och djurklasserna", "Menniskan och urfolken"), samhällsrelaterade diskussioner ("Kvinnan och äktenskapet", Familjelifvet och samhällsbildningen"), politisk och vetenskap ("Verldshandeln och kosmopolitismen", "Ångan och elektriciteten", "Industrien och kapitalet) och teologi och filosofi ("Gudaläran och prestlisten", "Det menskliga lidandet och lifvets poesi", "De saligas öar och blickar åt evigheten").[26]
Lilja började redan i tidig ålder att skriva poesi och redan 1828 hade han sitt första stycke (Saga om Odensjön.) utgivet. Och 1829 gav Lilja på eget förlag ut en diktsamling (Små Dikter.). Bägge dessa verk fick hård kritik från i synnerhet Malmö Tidning och en recensent vid namn P. E. Gullander. Även skolan där Lilja studerade uttryckte missbelåtenhet med att han offentligt framträdde som "skald". Inte förrän 1833 dök Lilja upp som diktare igen, då i tidskriften Skånska Correspondenten. I en av dessa dikter skriver han om en ”förtjuserska” som av allt att döma borde vara Maria Catharina Eek, Liljas första hustru.
Biblisk historia; Efter vetenskapliga grunder och till folkupplysningens befrämjande författad., Stockholm 1865. 4 litografiska plancher (stentryck, föreställande de 12 apostlarna),8,IV,455s. Planscherna köptes till och återfinns sällan i exemplaren. (6)
Celestinas fantasier. Lund 1832.
Den fria församlingens kateches; Försök till en unitarisk-parkersk bekännelseskrift. Stockholm 1864. 63s+1 blank. tryckta blå häftesomslag (1)
Detta har Hyberg gjort. Gävle 1865.
Dikter. L.J.Hierta, Stockholm 1836. 10,71s. strof på titelbladet av stagnelius. tryckta gula häftesomslag. (2)
Fauna öfver Skandinaviens däggdjur; Med 98 i texten intryckta figurer. Stockholm 1836.
Flora öfver Sveriges odlade växter; Innefattande de flesta på fritt land odlade vexter i Sverige, jemte de allmännare och vackrare fenstervexterna, med kännetecken och kort anvisning om deras odlingssätt. Stockholm 1839.
Framtidstankar öfver de fosterländska frågorna. Gävle 1840.
Göm ringen, göm väl!En opoetisk nollkalender för sötungar i skumrasket utgifven. Lund 1834.
Handbok i de odlade vexternas flora och deras kultur; Till ledning för åkerbrukare, trädgårdsodlare och blomstervänner, efter Endlichers naturliga familjer utarbetad, I-II, Örebro, 1842 - 1843.
Helsning till Skandinaviens studenter; Vid mötet i Lund d. 22 juni 1845. Berlingska tryckeriet, Lund 1845. 4s. Pamflett (4)
Jordens utvecklingshistoria; Jemförd med skapelsesagorna i 1 mosebok, Ett geologiskt utkast för folket. A. Bonniers förlag, Stockholm 1866. 6,72s. tryckta gula häftesomslag (4)
Julboken; Innehållande en samling ringdansar, pantlekar, julnöjen, barnsånger, visor och sagor, upptecknade i Skåne. Stockholm 1856.
Detaljbild ur Bonniers förlagskatalog som beskriver de utgivningar som gjorts av "Menniskan" och presenterar några av de positiva omdömen boken fått.Kristendomen; dess uppkomst, dess lära, dess historia och dess utveckling, jemte judendomens historia och litteratur, efter nyaste forskningar utarbetad för folket, med illustrationer och en karta öfver palaestina. Stockholm 1860. 8,608s. samt 35 helsidesillustrationer (stentryck) samt en utvikbar karta över Palestina. (9)
Kristna läran och prestläran. Gävle 1862.
Kyrkans trosläror; belyste och granskade. Stockholm 1869.
Kärleken; såsom Guds väsende och verldens lif. En skrift för den bildade och tänkande allmänheten. Rörbergska boktryckeriet, Stockholm 1869. 86s. + 1 s rättelser + 1 s blank. (1)
Menniskan; Hennes uppkomst, hennes lif och hennes bestämmelse, ur naturhistorisk synpunkt betraktad, med lithografier och träsnitt. 1.a upplagan Stockholm 1858. XVI,309s + 17 lithografier och träsnitt i texten. (9); 2:a korrigerade och tillökta upplagan, Stockholm 1859. XVI.429s. + lithograferade pl , en utvikbar plansch geologisk översiktsplansch. (3) ; 3:e ånyo öfwersedda och tillökta upplagan. Stockholm 1861. frontespice färgplansch över de hufvudsakligaste menniskoracer. 4,444,2s,+14s reklam, utvikbar geologisk översiktsplansch + litographerade planscher. (8) ; 4:e ånyo öfwersedda och ändrade upplagan, Stockholm 1868. 2,454,2s + utvikbar geologisk översiktsplansch + litograferade planscher. (5); 5:e upplagan genomsedd och delvis omarbetad ef Karl af Geijerstam, samt försedd med 450 ilustationer. Stockholm 1889. 2, frontespice, 2, 380s. utgavs i häftad upplaga, samt godtköpssubscription 7 häften nr 1-8, (7-8 dubbelhäfte). samt i förlagets dekorerade klotband (sandgul, ljusbrun, brun, grå, röd) med chagrinrygg (ljusbrun, brun, röd, mörkröd)(22). Denna upplaga återutgavs 2011 som faksimil av British Library, Historical Print Editions (ISBN: 9781241367527); 6: upplaga utgiven av swedish book company, Waverly Publ. Co. P. A. Lindberg & co. Chicago 1896. 494s. illustrerad, utgiven i grönt förlagsklotband samt rött förlagshalvfranskt band. 7: Mennesket, dets oprindelse, liv og bestemmelse, beteragtet fra et naturhistorisk standpunkt af N. Lilja. Gjennemseet og delvis omarbeidet af Karl af Geijerstam. Oversat af R. S. N. Sartz. Strand & co. Chicago 1896. 476 p. incl. illus., plates, ports. 24 cm. upplaga utgiven på dansk-norska språket. elektronisk resurs: http://www.archive.org/details/menniskanhennesu01lilj
Nordiska gudasagor; utstyrda i humoristiska sånger af Bodwar Bjarke. Stockholm 1867.
Noveller. N H Thomsons boktryckeri, Malmö 1831. 125s. gråpappersomslag. Innehåll: Heimer och Ulma ; Engelen; Elins bröllop ; Sophias Brahes berättelser; Cecilia. På titelsidan en strof av Thorild. (3)
Ruterdam; En blomma för dagen. N P Lundbergs boktryckeri, Lund 1834. 32s. tryckta gråpappersomslag. (3)
Sagan om Odensjön. Malmö 1828
Skattgräfvaren; Pennteckning av L-a. Gävle 1865.
Skizzer och berättelser I-II. Gävle 1862-1864.
Skånes flora; Innefattande Skånes fanerogamer och i ett bihang Skånes ormbunkar, de på åkren odlade vext- och sädesslagen och de i öfriga Sverige förekommande fanerogamer utom fjällvexterna, med karakterer, vextställen och nyttan, jemte ett vextgeografiskt namnregister m. m., utarbetad och utgifven. Lund 1838. - Innefattande Skånes vilda och odlade växter. En handbok för folkskolor, landtmän, trädgårdsodlare, apotekare och för den studerande ungdomen, ny omarbetad upplaga. I-II. Stockholm 1870.
Små dikter. N H thomsons tryckeri, Malmö 1829,31s. Innehåller; Fosterbygden; Sång för skånska beväringen; Fågeljägaren; Till min syster; Klockan; Skogen; Bergsgubben; Till lilla marie; Fromheten; Gudaminnen till elin; stjerhvalfvet. gråpappersomslag. (1)
Snösippan; Poetisk vinterkalender för 1841. Lund 1840.
Studentsånger ur Carolina. Lund 1833.
Svenska foder- och sädesväxter; Beskrfna med kultur- och lokalanvisningar samt om ängsskötsel och kreatursfodring, om vilda betesväxter, åkrens ogräs och skadedjur, jemte sädesväxternas regioner m. m., en handbok för landtbrukare. Stockholm 1867.
Sånger från Lundagård. Berlingska, Lund 1842. 2,68s. tryckta häftesomslag. (3)
Till Christine Schönherr på bröllopsdagen från dess vänner i skåne. Berglingska boktryckeriet, Lund 1824. 4s. pamflett.
Till hans kongl. höghet Hertigen af skånde Carl Ludwig Eugene på hans 14:e födelsedag den 3 maj 1840; af Zoologiska jägarsällskapet i lund. Berlingska tryckeriet, Lund 1840. 4s. pamflett. (1)
Torups-Resan; En dikt till nyåret. Berlingska boktryckeriet, Lund 1839. 16s. 81)
Violen; En samling jullekar, barnsånger och sagor. Lund 1841.
Vår tid och dess sträfvanden; Populära föredrag för folket, I-IV. Stockholm 1864-1868.
Örebibliotek för folket, N:o 1-2. Gävle 1865. N:o 1: Detta har Hyberg gjort N:o 2: Skattgräfwaren