Branch tillträdde 1823 som ledamot av USA:s senat. Han omvaldes 1829 men avgick i början av den andra mandatperioden för att tillträda som marinminister. USA:s regering skakades 1831 av en skandal, Eatonaffären eller Petticoat Affair. Bland andra krigsministern John Eaton avgick på grund av skandalen som hade fått sin början i Eatons äktenskap till pursern John Bowie Timberlakes änka Peggy. Äktenskapet sågs med oblida ögon av societeten. Även Branch avgick och efterträddes som marinminister av Levi Woodbury.
Branch satt i representanthuset i USA:s 22:a kongress. Han efterträddes 1833 som kongressledamot av Jesse Atherton Bynum. President John Tyler utnämnde 1844 Branch till guvernör i Floridaterritoriet som upplöstes redan följande år i och med att Florida blev USA:s 27:e delstat.
