Aragonés började sin karriär i CD Getafe1957 innan han året därefter skrev på för Real Madrid. Där lyckades han aldrig ta sig in i seniorlaget utan tillbringade större delen av sin tid som lån till andra klubbar, såsom Recreativo de Huelva och Hércules CF, när han inte spelade för AD Plus Ultra (Real Madrids reservlag). År 1960 gick han till Real Oviedo och gjorde sin La Liga-debut. Mellan 1961 och 1964 spelade han för Real Betis där han gjorde sammanlagt 86 ligamatcher och 33 mål.
Hos Atlético Madrid fick Aragonés smeknamnen Zapatones (ungefär "stora stövlar") och blev känd som frisparksspecialist. Han förekom ofta som målskytt och 1970 delade han Pichichi (skyttekungspokalen) med lagkamraten José Eulogio Gárate och Amancio. 1974 gjorde han 1–1-målet mot Bayern München på hemmaplan i europacupsfinalen men laget förlorade med 0–4 i returmötet i Tyskland. Han fick snart ännu ett smeknamn – El Sabio de la Hortaleza (ungefär "Hortalezas vise man").
Händelsen orsakade stor uppståndelse i brittiskamedia och många krävde omedelbart hans avgång som förbundskapten. Trots det han kallade Henry har Aragonés försvarats av spanska landslagsspelare som menar att han inte är rasist. Efter en undersökning bestraffades spanska fotbollsförbundet med böter på 87 000 amerikanska dollar av Uefa och varnades för att framtida incidenter skulle bestraffas mycket strängare. UEFA påpekade att möjliga straff skulle kunna vara avstängning från stora internationella turneringar eller förbud för supportrar att närvara vid hemmamatcher för Spanien.
Hortaleza, Madrid, Spanien
