Firmicutes: Skillnad mellan sidversioner

Från Wikipedia
Bläddra interaktivt i historiken
← Äldre redigeringNyare redigering →
Innehåll som raderades Innehåll som lades till
VisuellWikitext
stub-sortering
tillägg av text + referenser
Märke: Nutidsfras
Rad 11: Rad 11:
| genus =
| genus =
| taxon = Firmicutes
| taxon = Firmicutes
| taxon_auth = Gibbons and Murray 2021<ref>{{cite journal | vauthors = Oren A, Garrity GM | title = Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes | journal = Int J Syst Evol Microbiol | year = 2021 | volume = 71 | issue = 10 | pages = 5056 | doi = 10.1099/ijsem.0.005056 | pmid = 34694987 | s2cid = 239887308 | doi-access = free }}</ref>
| taxon_auth =
| subdivision_ranks = Klasser
| subdivision_ranks = Klasser
| subdivision =
| subdivision =
Rad 18: Rad 18:
*[[Mollicutes]]
*[[Mollicutes]]
}}
}}
'''Firmicutes''' eller '''Bacillota''', är en stam av [[bakterier]], av vilka de flesta har [[grampositiv]] [[cellvägg]]s struktur.<ref>"Firmicutes" at Dorland's Medical Dictionary</ref> Omdöpningen av [[phyla]] som firmicutes 2021 är fortfarande kontroversiell bland [[Mikrobiologi|mikrobiolog]]er, av vilka många fortsätter att använda de tidigare namnen sedan länge i litteraturen.<ref>{{cite news |last1=Robitzki |first1=Dan |title=Newly Renamed Prokaryote Phyla Cause Uproar |url=https://www.the-scientist.com/news-opinion/newly-renamed-prokaryote-phyla-cause-uproar-69578 |access-date=23 May 2022 |work=The Scientist Magazine |date=4 January 2022 |language=en}}</ref>
'''Firmicutes''' ([[Latin]]: ''firmus'', stark, och ''cutis'', skinn, syftande på cellväggen) är en stam av [[bakterier]], av vilka de flesta har [[grampositiv]] [[cellvägg]]s struktur.


Namnet "Firmicutes" härleddes från de latinska orden för "tuff hud", som syftar på den tjocka cellväggen som är typisk för bakterier i denna filum. Forskare klassificerade en gång firmicutes till att inkludera alla grampositiva bakterier, men har nyligen definierat dem som en kärngrupp av besläktade former som kallas låg-G+C-gruppen, i motsats till Actinomycetota. De har runda celler, kallade [[kocker]] (singular ''coccus''), eller stavliknande former (''bacillus''). Några få firmicutes, såsom Megasphaera, Pektinatus, Selenomonas och Zymophilus, har ett poröst pseudo-yttre membran som gör att de färgas gramnegativa.
{{bakteriologistub}}

Många firmicutes producerar [[endospor]]er, som är resistenta mot uttorkning och kan överleva extrema förhållanden. De finns i olika miljöer, och gruppen inkluderar några speciella [[patogen]]er. De i en familj, heliobakterierna, producerar energi genom anoxygen [[fotosyntes]]. Firmicutes spelar en stor roll vid förstörelse av [[öl]], [[vin]] och [[cider]].

==Klasser==
Gruppen är vanligtvis uppdelad i [[Clostridia]], som är [[anaerob]]a, och Baciller, som är obligat eller fakultativ [[aerob]]a.

På fylogenetiska träd visas de två första grupperna som parafyletiska eller polyfyletiska, liksom deras huvudsläkten, Clostridium och [[Bacillussläktet|Bacill]].<ref name="pmid15143038">{{cite journal |vauthors=Wolf M, Müller T, Dandekar T, Pollack JD |title=Phylogeny of Firmicutes with special reference to Mycoplasma (Mollicutes) as inferred from phosphoglycerate kinase amino acid sequence data |journal=Int. J. Syst. Evol. Microbiol. |volume=54 |issue=Pt 3 |pages=871–5 |date=May 2004 |pmid=15143038 |doi=10.1099/ijs.0.02868-0 |url=http://ijs.sgmjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=15143038 |archive-url=https://archive.today/20121209051705/http://ijs.sgmjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=15143038 |url-status=dead |archive-date=2012-12-09 |type=Comparative Study |citeseerx=10.1.1.126.3863 }}</ref> Emellertid tros firmicutes som helhet allmänt vara [[monofyletisk]] eller [[parafyletisk]] med undantag för Mollicutes.<ref>{{cite journal | last = Ciccarelli | first = FD | year = 2006 | title = Toward automatic reconstruction of a highly resolved tree of life. | journal = Science | volume = 311 | issue = 5765 | pages = 1283–1287 | doi = 10.1126/science.1123061 | pmid = 16513982 | bibcode = 2006Sci...311.1283C | s2cid = 1615592 | url = http://www.sciencemag.org/cgi/content/full/311/5765/1283| citeseerx = 10.1.1.381.9514 }}</ref>

==Fylogeni==
Den för närvarande accepterade [[Taxonomi|taxonomi]]n baserad på [[List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature]] (LPSN)<ref>{{cite web|author=J. P. Euzéby |url=http://www.bacterio.cict.fr/classifphyla.html#Firmicutes |title=Firmicutes |access-date=2013-03-20 |publisher=[[List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature]] (LPSN) |url-status=dead |archive-url=https://web.archive.org/web/20130127030659/http://www.bacterio.cict.fr/classifphyla.html |archive-date=January 27, 2013}}</ref> och [[National Center for Biotechnology Information]] (NCBI).<ref>{{cite web|author=Sayers |url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Tree&id=1239&lvl=3&lin |title=Firmicutes |access-date=24 April 2019 |publisher=[[National Center for Biotechnology Information]] (NCBI) taxonomy database |display-authors=etal}}</ref>
{| class="wikitable"
|-
! colspan=1 | 16S rRNA based [[The All-Species Living Tree Project|LTP]]_01_2022<ref>{{cite web|title=The LTP |url=https://imedea.uib-csic.es/mmg/ltp/#LTP| access-date=20 June 2022}}</ref><ref>{{cite web|title=LTP_all tree in newick format| url=https://imedea.uib-csic.es/mmg/ltp/wp-content/uploads/ltp/Tree_LTP_all_01_2022.ntree |access-date=20 June 2022}}</ref><ref>{{cite web|title=LTP_01_2022 Release Notes| url=https://imedea.uib-csic.es/mmg/ltp/wp-content/uploads/ltp/LTP_01_2022_release_notes.pdf |access-date=20 June 2022}}</ref>
! colspan=1 | GTDB 07-RS207 by [[Genome Taxonomy Database]]<ref name="about">{{cite web |title=GTDB release 07-RS207 |url=https://gtdb.ecogenomic.org/about#4%7C |website=[[Genome Taxonomy Database]]|access-date=20 June 2022}}</ref><ref name="tree">{{cite web |title=bac120_r207.sp_labels |url=https://data.gtdb.ecogenomic.org/releases/release207/207.0/auxillary_files/bac120_r207.sp_labels.tree |website=[[Genome Taxonomy Database]]|access-date=20 June 2022}}</ref><ref name="taxon_history">{{cite web |title=Taxon History |url=https://gtdb.ecogenomic.org/taxon_history/ |website=[[Genome Taxonomy Database]]|access-date=20 June 2022}}</ref>
|-
| style="vertical-align:top|
{{Clade | style=font-size:90%;line-height:80%
|1=[[Archaea]]
|label2=[[Bacteria]]
|2={{clade
|1="Aquificida"
|2={{clade
|1="Synergistetes"
|2={{clade
|1=[[Atribacterota]]
|2={{clade
|1={{clade
|1=[[Syntrophorhabdia]]
|2={{clade
|1=[[Thermotomaculales]]
|2=[[Spirochaetota]]
}}
}}
|2={{clade
|label1=Firmicutes 3 ♦
|1={{clade
|1={{clade
|1=[[Dictyoglomota]]
|2="[[Caldicellulosiruptorales]]"
}}
|2={{clade
|1="[[Thermosediminibacteria]]" [incl. "Ammonificales", DSM-22653]
|2="[[Thermoanaerobacteria]]" [incl. ''[[Thermanaeromonas]]'', ''[[Desulfovirgula]]'']
}}
}}
|2={{clade
|1="[[FCB group]]"
|2={{clade
|1={{clade
|1={{clade
|label1=Firmicutes 2 ♦
|1={{clade
|1={{clade
|1="[[Sulfobacillia]]"
|2="[[Thermaerobacteria]]"
}}
|2={{clade
|1={{clade
|1="[[Carboxydothermales]]"
|2="[[Thermacetogeniales]]"
}}
|2={{clade
|1=[[Moorellales]] {"Moorellia"}
|2={{clade
|1={{clade
|1="[[Calderihabitantales]]"
|2="[[Koleobacterales]]"
}}
|2={{clade
|1=[[Zhaonellaceae]]
|2={{clade
|1="[[Desulfitibacterales]]"
|2="[[Syntrophomonadia]]"
}}
}}
}}
}}
}}
}}
|2={{clade
|1=''[[Gelria (bacterium)|Gelria]]'' ♦
|2={{clade
|1="[[Symbiobacteriia]]" ♦
|2=[[Actinomycetota]]
}}
}}
}}
|2={{clade
|1=[[Deinococcota]]
|2={{clade
|1={{clade
|1="[[Melainabacteria]]"
|2="[[Cyanobacteria|Cyanobacteriota]]"
}}
|2={{clade
|1=[[Armatimonadota]]
|2=[[Chloroflexota]]
}}
}}
}}
}}
|2={{clade
|1={{clade
|1={{clade
|1={{clade
|1={{clade
|1=[[Nitrospirota]]
|2={{clade
|1="[[Thermodesulfobiota]]" ♦
|2=[[Elusimicrobiota]]
}}
}}
|2={{clade
|1="[[Halanaerobiales|Halanaerobiia]]" ♦
|2=[[Acidobacteriota]]
}}
}}
|2={{clade
|1=[[Chitinivibrionia]]
|2="[[Planctobacteria]]
}}
}}
|label2="[[Firmicutes]]" 1 ♦
|2={{clade
|1={{clade
|1={{clade
|1={{clade
|1=[[Thermolithobacteria]]
|2="[[Carboxydocellales]]"
}}
|2={{clade
|1="[[Thermincolia]]"
|2="[[Desulfofundulaceae]]"
}}
}}
|2={{clade
|1=UBA4882
|2="[[Negativicutes|Selenomonadia]]"
}}
}}
|2={{clade
|1={{clade
|1=[[Limnochordia]]
|label2="[[Desulfotomaculota]]"
|2={{clade
|1="[[Desulfotomaculia]]"
|2={{clade
|1="[[Desulfitobacteriia]]"
|2={{clade
|1="[[Peptococcia]]"
|2={{clade
|1="[[Dethiobacteria]]"
|2="[[Natranaerobiales|Natranaerobiia]]"
}}
}}
}}
}}
}}
|2={{clade
|1="[[Clostridia|Clostridiia]]" (incl. Tissierellia)
|2={{clade
|1={{clade
|1=[[Fusobacteriia|Fusobacteria]] {[[Fusobacteriota]]}
|label2=[[Mycoplasmatota]]
|2={{clade
|1={{clade
|1=[[Acholeplasmatales]]
|2=[[Erysipelotrichia]]
}}
|2=[[Mollicutes]]
}}
}}
|2=[[Bacilli]]ia {Bacillota s.s.}
}}
}}
}}
}}
}}
|2="[[Proteobacteria]]" s.l.
}}
}}
}}
}}
}}
}}
}}
}}
}}
♦ Paraphyletic Firmicutes
|
{{Clade | style=font-size:90%;line-height:80%
|1={{clade
|label1=Firmicutes E
|1={{clade
|1="[[Symbiobacteriia]]"
|2={{clade
|1="[[Thermaerobacteria]]"
|2="[[Sulfobacillia]]"
}}
}}
|2={{clade
|label1=Firmicutes G
|1={{clade
|1=[[Limnochordia]]
|2=UBA4882
}}
|2={{clade
|label1=Bacillota s.s.
|1="[[Bacilli]]a"
|2={{clade
|1={{clade
|label1="Selenobacteria"
|1=[[Negativicutes|Selenomonadia]]
|label2="Desulfotomaculota"
|2={{clade
|1={{clade
|1={{clade
|1="[[Carboxydocellales]]" {GCA-003054495}
|2="[[Carboxydothermales]]" {Z-2901}
}}
|2={{clade
|1="[[Thermincolia]]"
|2="[[Desulfotomaculia]]"
}}
}}
|2={{clade
|1={{clade
|1="[[Moorellia]]"
|2="[[Syntrophomonadia]]"
}}
|2={{clade
|1="[[Dehalobacteriia]]"
|2={{clade
|1="[[Peptococcia]]"
|2="[[Desulfitobacteriia]]"
}}
}}
}}
}}
}}
|2={{clade
|label1=Firmicutes D
|1={{clade
|1="[[Proteinivoracia]]"
|2={{clade
|1="[[Dethiobacteria]]"
|2="[[Natranaerobiales|Natranaerobiia]]"
}}
}}
|2={{clade
|label1="Halanaerobiaeota"
|1="[[Halanaerobiales|Halanaerobiia]]"
|label2=Firmicutes A
|2={{clade
|1="[[Thermosediminibacteria]]"
|2={{clade
|1="[[Thermoanaerobacteria]]"
|2=[[Clostridia|Clostridiia]] ''s.s.''
}}
}}
}}
}}
}}
}}
}}
}}
}}
|}
==Släkten==
Mer än 274 släkten ansågs år 2016 finnas inom Bacillota-filen, särskilda släkten av "Firmicutes" är:

'''Bacilli, order [[Bacillales]]'''
* ''[[Bacillus]]''
* ''[[Listeria]]''
* ''[[Staphylococcus]]''
'''Bacilli, order [[Lactobacillales]]'''
* ''[[Enterococcus]]''
* ''[[Lactobacillus]]''
* ''[[Leuconostoc]]''
* ''[[Streptococcus]]''
'''[[Clostridia]]'''
* ''[[Clostridioides]]''
* ''[[Clostridium]]''
* ''[[Selenomonas]]''
'''[[Erysipelotrichia]]'''
* ''[[Erysipelothrix rhusiopathiae|Erysipelothrix]]''

==Klinisk signifikans==
Firmicutes utgör ca 30 procent av [[möss|mus]]en och människans tarmmikrobiom.<ref name="LeyPeterson2006">{{cite journal |vauthors=Ley RE, Peterson DA, Gordon JI |title=Ecological and evolutionary forces shaping microbial diversity in the human intestine |journal=Cell |volume=124 |issue=4 |pages=837–848 |year=2006 |pmid=16497592 |doi=10.1016/j.cell.2006.02.017 |s2cid=17203181 |type=Review|doi-access=free }}</ref> Fylumet firmicutes som en del av tarmmikrobiotan har visat sig vara involverad i energiresorption och potentiellt relaterad till utvecklingen av [[diabetes]] och [[fetma]].<ref name="LeyTurnbaugh2006">{{cite journal |vauthors=Ley RE, Turnbaugh PJ, Klein S, Gordon JI |title=Microbial ecology: human gut microbes associated with obesity |journal=Nature |volume=444 |issue=7122 |pages=1022–1023 |year=2006 |pmid=17183309 |doi=10.1038/4441022a |type=Clinical Trial|bibcode=2006Natur.444.1022L |s2cid=205034045 }}</ref><ref>{{cite news|last=Henig |first=Robin Marantz|url=https://www.nytimes.com/2006/08/13/magazine/13obesity.html?pagewanted=3&ei=5070&en=0c39c5880e4d7067&ex=1166850000|title=Fat Factors |date=2006-08-13 |work=New York Times Magazine |access-date=2008-09-28}}</ref><ref>{{cite journal |vauthors=Ley RE, Bäckhed F, Turnbaugh P, Lozupone CA, Knight RD, Gordon JI |title=Obesity alters gut microbial ecology |journal=Proc. Natl. Acad. Sci. USA |volume=102 |issue=31 |pages=11070–11075 |date=August 2005 |pmid=16033867 |pmc=1176910 |doi=10.1073/pnas.0504978102 |type=Research Support|bibcode=2005PNAS..10211070L |doi-access=free }}</ref><ref>Komaroff AL. The Microbiome and Risk for Obesity and Diabetes. JAMA. Published online December 22, 2016. doi:10.1001/jama.2016.20099</ref> Inom tarmen hos friska vuxna människor är den vanligaste bakterien [[Faecalibacterium prausnitzii]], som utgör 5 procent av det totala tarmmikrobiomet, medlem i firmicutes fylum. Denna art är direkt förknippad med minskad låggradig inflammation vid fetma.<ref>{{cite journal |last1=Chakraborti |first1=Chandra Kanti |title=New-found link between microbiota and obesity |journal=World Journal of Gastrointestinal Pathophysiology |date=15 November 2015 |volume=6 |issue=4 |pages=110–119 |doi=10.4291/wjgp.v6.i4.110 |pmid=26600968 |pmc=4644874 }}</ref> F. prausnitzii har hittats i högre nivåer i tarmarna hos överviktiga barn än hos icke-överviktiga barn.

I flera studier har en högre förekomst av firmicutes hittats hos överviktiga individer än i magra kontrollgrupper. En högre nivå av ''Lactobacillus'' (av firmicutes fylum) har hittats hos överviktiga patienter och i en studie, visade överviktiga patienter satta på viktminskningsdiet en minskad mängd firmicutes i sina tarmar.<ref>{{cite journal |last1=Million |first1=M. |last2=Lagier |first2=J.-C |last3=Yahav |first3=D. |last4=Paul |first4=M. |title=Gut bacterial microbiota and obesity |journal=Clinical Microbiology and Infection |date=April 2013 |volume=19 |issue=4 |pages=305–313 |doi=10.1111/1469-0691.12172 |pmid=23452229 |doi-access=free }}</ref>

Kostförändringar hos möss har också visat sig främja förändringar i överskott av firmicutes. En högre relativ förekomst av firmicutes sågs hos möss som utfordrades med västerländsk kost (hög fetthalt/hög sockerhalt) än hos möss som gavs en vanlig diet med låg fetthalt/hög [[polysackarid]]. Den högre mängden firmicutes var också kopplad till mer fetma och högre kroppsvikt hos möss.<ref>{{cite journal |last1=Turnbaugh |first1=Peter J. |title=Diet-Induced Obesity Is Linked to Marked but Reversible Alterations in the Mouse Distal Gut Microbiome |journal=Cell Host & Microbe |date=17 April 2008 |volume=3 |issue=4 |pages=213–223 |doi=10.1016/j.chom.2008.02.015 |pmid=18407065 |pmc=3687783 }}</ref> Dietförändringar hos möss har också visat sig främja förändringar i överskott av firmicutes. Specifikt var hos överviktig möss klassen Mollicutes (inom Firmicutes fylum) den vanligaste. När mikrobioten hos överviktiga möss med detta högre firmicutesöverskott transplanterades i tarmarna hos bakteriefria möss, fick de bakteriefria mössen en ökad mängd fett jämfört med de som transplanterades med mikrobioten hos magra möss med lägre firmicutesöverskott.<ref>{{cite journal |last1=Million |first1=M. |title=Gut bacterial microbiota and obesity |journal=Cell Microbiology and Infection |date=April 2013 |volume=19 |issue=4 |pages=305–313 |doi=10.1111/1469-0691.12172 |pmid=23452229 |doi-access=free }}</ref>

Förekomsten av Christensenella (firmicutes, i klass [[Clostridia]]), isolerad från mänsklig [[avföring]], har visat sig korrelera med lägre [[kroppsmasseindex]].<ref>{{cite journal|last1=Goodrich|first1=Julia K.|last2=Waters|first2=Jillian L.|last3=Poole|first3=Angela C.|last4=Sutter|first4=Jessica L.|last5=Koren|first5=Omry|last6=Blekhman|first6=Ran|last7=Beaumont|first7=Michelle|last8=Van Treuren|first8=William|last9=Knight|first9=Rob|last10=Bell|first10=Jordana T.|last11=Spector|first11=Timothy D.|last12=Clark|first12=Andrew G.|last13=Ley|first13=Ruth E.|title=Human Genetics Shape the Gut Microbiome |journal=Cell|volume=159|issue=4|year=2014|pages=789–799|issn=0092-8674|doi=10.1016/j.cell.2014.09.053|pmid=25417156|pmc=4255478}}</ref>

==Referenser==
{{enwp|url=https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Bacillota&oldid=1140332293 |artikel=Bacillota | datum= 19 februari 2023}}

===Noter===

<references/>

== Externa länkar ==
{{Commonscat|Firmicutes }}
* [https://web.archive.org/web/20130127030659/http://www.bacterio.cict.fr/classifphyla.html#Firmicutes Phylum "Firmicutes"] - J.P. Euzéby: List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature

{{Auktoritetsdata}}

{{STANDARDSORTERING:Firmicutes}}


[[Kategori:Firmicutes| ]]
[[Kategori:Firmicutes| ]]

Versionen från 10 april 2023 kl. 16.02

Firmicutes
Bacillus subtilis, Gramfärgad
Systematik
RikeBakterier
Bacteria
Vetenskapligt namn
§ Firmicutes
Klasser

Firmicutes eller Bacillota, är en stam av bakterier, av vilka de flesta har grampositiv cellväggs struktur.[2] Omdöpningen av phyla som firmicutes 2021 är fortfarande kontroversiell bland mikrobiologer, av vilka många fortsätter att använda de tidigare namnen sedan länge i litteraturen.[3]

Namnet "Firmicutes" härleddes från de latinska orden för "tuff hud", som syftar på den tjocka cellväggen som är typisk för bakterier i denna filum. Forskare klassificerade en gång firmicutes till att inkludera alla grampositiva bakterier, men har nyligen definierat dem som en kärngrupp av besläktade former som kallas låg-G+C-gruppen, i motsats till Actinomycetota. De har runda celler, kallade kocker (singular coccus), eller stavliknande former (bacillus). Några få firmicutes, såsom Megasphaera, Pektinatus, Selenomonas och Zymophilus, har ett poröst pseudo-yttre membran som gör att de färgas gramnegativa.

Många firmicutes producerar endosporer, som är resistenta mot uttorkning och kan överleva extrema förhållanden. De finns i olika miljöer, och gruppen inkluderar några speciella patogener. De i en familj, heliobakterierna, producerar energi genom anoxygen fotosyntes. Firmicutes spelar en stor roll vid förstörelse av öl, vin och cider.

Klasser

Gruppen är vanligtvis uppdelad i Clostridia, som är anaeroba, och Baciller, som är obligat eller fakultativ aeroba.

På fylogenetiska träd visas de två första grupperna som parafyletiska eller polyfyletiska, liksom deras huvudsläkten, Clostridium och Bacill.[4] Emellertid tros firmicutes som helhet allmänt vara monofyletisk eller parafyletisk med undantag för Mollicutes.[5]

Fylogeni

Den för närvarande accepterade taxonomin baserad på List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN)[6] och National Center for Biotechnology Information (NCBI).[7]

16S rRNA based LTP_01_2022[8][9][10] GTDB 07-RS207 by Genome Taxonomy Database[11][12][13]

Archaea


Bacteria

"Aquificida"




"Synergistetes"




Atribacterota





Syntrophorhabdia




Thermotomaculales



Spirochaetota





Firmicutes 3 ♦


Dictyoglomota



"Caldicellulosiruptorales"





"Thermosediminibacteria" [incl. "Ammonificales", DSM-22653]



"Thermoanaerobacteria" [incl. Thermanaeromonas, Desulfovirgula]






"FCB group"





Firmicutes 2 ♦


"Sulfobacillia"



"Thermaerobacteria"






"Carboxydothermales"



"Thermacetogeniales"





Moorellales {"Moorellia"}





"Calderihabitantales"



"Koleobacterales"





Zhaonellaceae




"Desulfitibacterales"



"Syntrophomonadia"










Gelria ♦




"Symbiobacteriia" ♦



Actinomycetota







Deinococcota





"Melainabacteria"



"Cyanobacteriota"





Armatimonadota



Chloroflexota












Nitrospirota




"Thermodesulfobiota" ♦



Elusimicrobiota






"Halanaerobiia" ♦



Acidobacteriota






Chitinivibrionia



"Planctobacteria




"Firmicutes" 1 ♦




Thermolithobacteria



"Carboxydocellales"





"Thermincolia"



"Desulfofundulaceae"






UBA4882



"Selenomonadia"







Limnochordia


"Desulfotomaculota"

"Desulfotomaculia"




"Desulfitobacteriia"




"Peptococcia"




"Dethiobacteria"



"Natranaerobiia"









"Clostridiia" (incl. Tissierellia)





Fusobacteria {Fusobacteriota}


Mycoplasmatota


Acholeplasmatales



Erysipelotrichia




Mollicutes





Bacilliia {Bacillota s.s.}








"Proteobacteria" s.l.










♦ Paraphyletic Firmicutes


Firmicutes E

"Symbiobacteriia"




"Thermaerobacteria"



"Sulfobacillia"





Firmicutes G

Limnochordia



UBA4882




Bacillota s.s.

"Bacillia"




"Selenobacteria"

Selenomonadia


"Desulfotomaculota"



"Carboxydocellales" {GCA-003054495}



"Carboxydothermales" {Z-2901}





"Thermincolia"



"Desulfotomaculia"







"Moorellia"



"Syntrophomonadia"





"Dehalobacteriia"




"Peptococcia"



"Desulfitobacteriia"








Firmicutes D

"Proteinivoracia"




"Dethiobacteria"



"Natranaerobiia"





"Halanaerobiaeota"

"Halanaerobiia"


Firmicutes A

"Thermosediminibacteria"




"Thermoanaerobacteria"



Clostridiia s.s.










Släkten

Mer än 274 släkten ansågs år 2016 finnas inom Bacillota-filen, särskilda släkten av "Firmicutes" är:

Bacilli, order Bacillales

Bacilli, order Lactobacillales

Clostridia

Erysipelotrichia

Klinisk signifikans

Firmicutes utgör ca 30 procent av musen och människans tarmmikrobiom.[14] Fylumet firmicutes som en del av tarmmikrobiotan har visat sig vara involverad i energiresorption och potentiellt relaterad till utvecklingen av diabetes och fetma.[15][16][17][18] Inom tarmen hos friska vuxna människor är den vanligaste bakterien Faecalibacterium prausnitzii, som utgör 5 procent av det totala tarmmikrobiomet, medlem i firmicutes fylum. Denna art är direkt förknippad med minskad låggradig inflammation vid fetma.[19] F. prausnitzii har hittats i högre nivåer i tarmarna hos överviktiga barn än hos icke-överviktiga barn.

I flera studier har en högre förekomst av firmicutes hittats hos överviktiga individer än i magra kontrollgrupper. En högre nivå av Lactobacillus (av firmicutes fylum) har hittats hos överviktiga patienter och i en studie, visade överviktiga patienter satta på viktminskningsdiet en minskad mängd firmicutes i sina tarmar.[20]

Kostförändringar hos möss har också visat sig främja förändringar i överskott av firmicutes. En högre relativ förekomst av firmicutes sågs hos möss som utfordrades med västerländsk kost (hög fetthalt/hög sockerhalt) än hos möss som gavs en vanlig diet med låg fetthalt/hög polysackarid. Den högre mängden firmicutes var också kopplad till mer fetma och högre kroppsvikt hos möss.[21] Dietförändringar hos möss har också visat sig främja förändringar i överskott av firmicutes. Specifikt var hos överviktig möss klassen Mollicutes (inom Firmicutes fylum) den vanligaste. När mikrobioten hos överviktiga möss med detta högre firmicutesöverskott transplanterades i tarmarna hos bakteriefria möss, fick de bakteriefria mössen en ökad mängd fett jämfört med de som transplanterades med mikrobioten hos magra möss med lägre firmicutesöverskott.[22]

Förekomsten av Christensenella (firmicutes, i klass Clostridia), isolerad från mänsklig avföring, har visat sig korrelera med lägre kroppsmasseindex.[23]

Referenser

Den här artikeln är helt eller delvis baserad på material från engelskspråkiga Wikipedia, Bacillota, 19 februari 2023.

Noter

  1. ^ ”Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes”. Int J Syst Evol Microbiol 71 (10): sid. 5056. 2021. doi:10.1099/ijsem.0.005056. PMID 34694987. 
  2. ^ "Firmicutes" at Dorland's Medical Dictionary
  3. ^ Robitzki, Dan (4 January 2022). ”Newly Renamed Prokaryote Phyla Cause Uproar” (på engelska). The Scientist Magazine. https://www.the-scientist.com/news-opinion/newly-renamed-prokaryote-phyla-cause-uproar-69578. 
  4. ^ ”Phylogeny of Firmicutes with special reference to Mycoplasma (Mollicutes) as inferred from phosphoglycerate kinase amino acid sequence data”. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 54 (Pt 3): sid. 871–5. May 2004. doi:10.1099/ijs.0.02868-0. PMID 15143038. http://ijs.sgmjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=15143038. 
  5. ^ Ciccarelli, FD (2006). ”Toward automatic reconstruction of a highly resolved tree of life.”. Science 311 (5765): sid. 1283–1287. doi:10.1126/science.1123061. PMID 16513982. Bibcode: 2006Sci...311.1283C. http://www.sciencemag.org/cgi/content/full/311/5765/1283. 
  6. ^ J. P. Euzéby. ”Firmicutes”. Firmicutes. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). http://www.bacterio.cict.fr/classifphyla.html#Firmicutes. 
  7. ^ Sayers. ”Firmicutes”. Firmicutes. National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Tree&id=1239&lvl=3&lin. 
  8. ^ ”The LTP”. The LTP. https://imedea.uib-csic.es/mmg/ltp/#LTP. 
  9. ^ ”LTP_all tree in newick format”. LTP_all tree in newick format. https://imedea.uib-csic.es/mmg/ltp/wp-content/uploads/ltp/Tree_LTP_all_01_2022.ntree. 
  10. ^ ”LTP_01_2022 Release Notes”. LTP_01_2022 Release Notes. https://imedea.uib-csic.es/mmg/ltp/wp-content/uploads/ltp/LTP_01_2022_release_notes.pdf. 
  11. ^ ”GTDB release 07-RS207”. Genome Taxonomy Database. https://gtdb.ecogenomic.org/about#4%7C. 
  12. ^ ”bac120_r207.sp_labels”. Genome Taxonomy Database. https://data.gtdb.ecogenomic.org/releases/release207/207.0/auxillary_files/bac120_r207.sp_labels.tree. 
  13. ^ ”Taxon History”. Genome Taxonomy Database. https://gtdb.ecogenomic.org/taxon_history/. 
  14. ^ ”Ecological and evolutionary forces shaping microbial diversity in the human intestine”. Cell 124 (4): sid. 837–848. 2006. doi:10.1016/j.cell.2006.02.017. PMID 16497592. 
  15. ^ ”Microbial ecology: human gut microbes associated with obesity”. Nature 444 (7122): sid. 1022–1023. 2006. doi:10.1038/4441022a. PMID 17183309. Bibcode: 2006Natur.444.1022L. 
  16. ^ Henig, Robin Marantz (2006-08-13). ”Fat Factors”. New York Times Magazine. https://www.nytimes.com/2006/08/13/magazine/13obesity.html?pagewanted=3&ei=5070&en=0c39c5880e4d7067&ex=1166850000. 
  17. ^ ”Obesity alters gut microbial ecology”. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102 (31): sid. 11070–11075. August 2005. doi:10.1073/pnas.0504978102. PMID 16033867. Bibcode: 2005PNAS..10211070L. 
  18. ^ Komaroff AL. The Microbiome and Risk for Obesity and Diabetes. JAMA. Published online December 22, 2016. doi:10.1001/jama.2016.20099
  19. ^ Chakraborti, Chandra Kanti (15 November 2015). ”New-found link between microbiota and obesity”. World Journal of Gastrointestinal Pathophysiology 6 (4): sid. 110–119. doi:10.4291/wjgp.v6.i4.110. PMID 26600968. 
  20. ^ Million, M.; Lagier, J.-C; Yahav, D.; Paul, M. (April 2013). ”Gut bacterial microbiota and obesity”. Clinical Microbiology and Infection 19 (4): sid. 305–313. doi:10.1111/1469-0691.12172. PMID 23452229. 
  21. ^ Turnbaugh, Peter J. (17 April 2008). ”Diet-Induced Obesity Is Linked to Marked but Reversible Alterations in the Mouse Distal Gut Microbiome”. Cell Host & Microbe 3 (4): sid. 213–223. doi:10.1016/j.chom.2008.02.015. PMID 18407065. 
  22. ^ Million, M. (April 2013). ”Gut bacterial microbiota and obesity”. Cell Microbiology and Infection 19 (4): sid. 305–313. doi:10.1111/1469-0691.12172. PMID 23452229. 
  23. ^ Goodrich, Julia K.; Waters, Jillian L.; Poole, Angela C.; Sutter, Jessica L.; Koren, Omry; Blekhman, Ran; Beaumont, Michelle; Van Treuren, William; et al. (2014). ”Human Genetics Shape the Gut Microbiome”. Cell 159 (4): sid. 789–799. doi:10.1016/j.cell.2014.09.053. ISSN 0092-8674. PMID 25417156. 

Externa länkar

Auktoritetsdata
Hämtad från ”https://sv.wikipedia.org/w/index.php?title=Firmicutes&oldid=52416530”