Scholes spelade sin 600:e match för Manchester United den 22 april 2009 mot Portsmouth FC och blev därmed den fjärde spelaren att göra över 600 matcher för United. Han har under sin karriär i klubben bland annat vunnit Premier League 11 gånger, FA-cupen 3 gånger och Champions League 2 gånger, 99 och 08. Den 31 maj 2011 meddelade han att han avslutar spelarkarriären med omedelbar verkan.[1]
Den 8 januari 2012 dök Paul Scholes upp i omklädningsrummet inför FA-Cup-matchen mot Manchester City. Han beslutade sig för att göra en comeback under vårsäsongen 2012 för att hjälpa United som har haft problem med att hitta harmoni på mittfältet. Han byttes in under andra halvlek och matchen vann United med 3–2.
Den 12 maj 2013 meddelade Scholes att han definitivt avslutar karriären efter säsongen, i en match som även var Sir Alex Fergusons sista hemmamatch.[2]