Den 9 maj 2013 blev det officiellt att Moyes skulle ta över rollen som tränare för Manchester United efter att Sir Alex offentliggjort sin pensionering.[2] Den 22 april 2014 annonserade Timothy Busby att David Moyes fått sparken av ägarna Glazer. David Moyes sägs vara förbannad över att ha fått sparken och säg dessutom vara äcklad över klubbens beteende. Moyes fick sparken från Manchester United efter att ha förlorat mot Everton FC med 2-0 som innebar att man missade europaspel. Han ersattes i de resterande fyra matcherna av klubblegendaren Ryan Giggs som sedan blev assisterande tränare under Louis Van Gaal näst kommande år.
Den 10 november 2014 tog Moyes över tränarrollen efter att Jagoba Arrasate fått sparken. Kontraktet sträcker sig fram till och med juni 2016[3] men han fick avsluta kontraktet den 9 november 2015 på grund av dåligt resultat under inledningen av säsongen.