Församlingen med detta namn har funnits i Halmstad har funnits under två tidsperioder. En första församling med detta namn bildades på 1200-talet genom utbrytning ur Övraby församling. Ur denna utbröts 1962 Martin Luthers församling samtidigt som församlingen namnändrades till S:t Nikolai församling.Församlingen var till 1563 annexförsamling i pastoratet Övraby och Halmstad för att från 1563 till 1962 vara moderförsamling i pastoratet Halmstad, Övraby och Holm. [1]
2016 återbildades församlingen genom samgående av Martin Luthers församling och S:t Nikolai församling, vari Övraby och Holms församlingar uppgått 2010. Halmstads församling utgör ett eget pastorat.[2]
