Pettersson började sin allsvenska karriär i IFK Norrköping innan han lämnade för IFK Göteborg mitt under säsongen 1984. Under de följande fyra åren var han med om att ta två SM-guld och ett silver samt ett Uefacupguld. 1988 köptes han av holländska AFC Ajax. Under de sex säsonger han var i Ajax vann han ligan två gånger och Uefacupen en gång. Han återvände till Sverige och IFK Göteborg 1994 och var med om att vinna ytterligare tre SM-guld. Slutet av hans karriär präglades av återkommande knäproblem och han tvingades lägga av 1999.
Pettersson spelade 31 matcher för landslaget.
År 2006 skrev Pettersson på som tränare för division 2-klubben IFK Österåker.[2]
