När det år 1580 upplösta Uppsala universitet år 1593 återupprättades, förflyttades Stockholmskollegiets professorer dit, och kollegiet förföll fram till att det stängdes igen 1593.
Historik
Utbildningsanstalten hade främst teologisk inriktning, med skiftande ursprungligen katolsk karaktär till sedan mer protestantisk.
Katolsk högskola
Högskolan grundades av kung Johan III år 1576 och hade sin lokal inom det tidigare Gråbrödraklostret på Riddarholmen. Kollegiet leddes till en början av jesuitiska lärare, bland annat Laurentius Nicolai Norvegus, och var till år 1583 nästan uteslutande en bildningsanstalt för unga katolska och reformkatolskapräster, som ditkallades av konungen och understöddes av honom. Undervisning skedde för uppemot cirka 300 personer.
Arbetet förlamades dock mycket på grund av osäkerhet i den ekonomiska ställningen och de förföljelser, som drabbade lärarna för deras vägran att anta liturgin under den liturgiska striden. Slutligen, när det år 1580 upplösta Uppsala universitet år 1593 återupprättades, förflyttades Stockholmskollegiets professorer dit, och kollegiet förföll.