Republiken var kort ockuperad av österrikiska styrkor år 1800, men Napoleon återvände snart med sin armé. En ny konstitution utfärdades 1801 som mer liknade den som Republiken Genua hade, då en doge var ordförande i senaten.
I juni 1805 annekterades området av det Första franska kejsardömet som departementen Apennins, Gênes och Montenotte. Efter Napoleons nederlag1814 återställdes republiken kort mellan den 28 april och den 28 juli. Efter Wienkongressen tilldelades republiken till Kungariket Sardinien som annekterade området den 3 januari 1815. Liguriska republiken använde den traditionella genuesiska flaggan med ett röttkors mot en vit bakgrund.
