Patrik Andersson debuterade i allsvenskan1989 och i landslaget 1992. Han tillhörde under de följande 12 åren den absoluta toppen bland svenska spelare och är en av Sveriges bästa mittbackar någonsin, av många ansedd som den bästa. Under många år bildade han tillsammans med Joachim Björklund landslagets mittbackslås. Han var under flera år lagkapten i landslaget.
Efter en motig första tid som proffs i Blackburn blev han uppskattad under många år i Borussia Mönchengladbach. När laget åkte ur Bundesliga1999 bytte Andersson till storklubben FC Bayern München där han firade stora framgångar. Andersson blev 2001 stor hjälte när han säkrade ligaguldet med ett frisparksmål i slutsekunderna i den sista ligaomgången. Samma år vann han Champions League med Bayern. Efter det såldes han för 75 miljoner kronor till storklubben FC Barcelona men fick oftast skadeproblem där. 2002 tvingade en skada Andersson från att avstå matcher i VM, och han avbröt senare turneringen. Skadeproblemen fortsatte under lång tid. 2004 valde Patrik Andersson att flytta hem till Sverige för spel i Malmö FF. Under 2005 skadade han sig återigen allvarligt i en match med Malmö FF och det ledde till att han senare avslutade sin fotbollskarriär.