Klubben hade en väldigt kort storhetstid under slutet av 1990-talet och i början av 2000-talet, sina bästa resultat nåddes under säsongen 2001/2002 då klubben aldrig låg sämre än sexa i La Liga under hela säsongen och spelade i UEFA-cupen där klubben bland annat besegrade Juventus och Benfica. Efter ett par anonyma säsonger återkom klubben som topplag i La Liga under säsongen 2005/2006 och slutade sexa i tabellen vilket återigen betydde spel i UEFA-cupen där klubben nådde åttondelsfinal.
I samband med nedflyttningen till Segunda División drabbades klubben av svåra ekonomiska problem eftersom stora lån togs för att finansiera sin elitsatsning, och tvingade därför sälja flera av stjärnspelarna för att inte riskera konkurs.
Under senare säsonger har klubben byggt upp en ny trupp från grunden bestående av bland annat flera egna produkter från klubbens ungdomsakademi, och har sakta jobbat sig tillbaka mot La liga i vilken klubben den 3 juni 2012 återvände.[1]
Vigo
Eduardo Berizzo
Savo Milosevic
Hossam Ahmed Mido
Jordi Cruyff
Claude Makélélé
Dan Eggen
Tito Vilanova
Alexander Mostovoj
