Slutspelet började den 20 februari2007 och avslutades med finalen på Olympiastadion i Aten den 23 maj. Lottningen för första slutspelet skedde 15 december2006 och involverade de två topplagen i varje grupp från gruppspelet. Vinnaren från varje grupp fick möta laget som kom på andra plats från en annan grupp.
Varje omgång bestod av två spelmöten, hemma och borta, där laget med det högre sammanlagda resultatet avancerade till nästa runda, med undantag för finalen som spelades en gång på neutral plan. I de matcher där de två lagens sammanlagda resultat var lika, gick laget som gjorde fler bortamål vidare till nästa runda.
De första matcherna spelades 24 och 25 april och returerna 1 och 2 maj 2007.
Matcherna mellan Manchester United och AC Milan blev två fantastiska matcher. Första mötet spelades på Old Trafford, där hemmalaget tog ledningen redan efter fem minuters spel, efter en jättetavla av AC Milans målvakt Dida. Men italienarna lyckades dock kvittera och vända matchen till 1-2 i första halvlek genom en storspelande Kaká, ett resultat som höll sig halvleken ut. I andra halvlek lyckades dock United kvittera genom Wayne Rooney i den 59:e minuten. Samma man slog till på nytt på tilläggstiden och engelsmännen vann med 3-2.
Returen på San Siro blev dock allt annat än en jämn match och efter 11 minuter kunde italienarna ta ledning via Kaká. En halvtimme in i matchen slog Clarence Seedorf till på volley och 2-0 var ett faktum. Med dryga 10 minuter kvar av matchen kom nyinbytte Alberto Gilardino fri med målvakten Edwin van der Sar och satte bollen iskallt i högra hörnet, och fastställde därmed slutresultatet till 3-0. Resultatet innebar alltså att AC Milan avancerade till final efter sammanlagt 5-3.
AC Milan lyckades ta ledningen precis innan halvtidsvilan, när en frispark direkt utanför straffområdet, som togs av Andrea Pirlo, skarvades in i mål via Filippo Inzaghi. Matchen i sig var jämn men med cirka 10 minuter kvar slog Kaká, som blev turneringens bäste spelare, en genomskärande passning till den ständigt löpande Inzaghi som rundade målvakten Pepe Reina och iskallt rullade in bollen i mål, och utökade Milans ledning till 2-0. I den 89:e minuten kom dock ett tröstmål för Liverpool via holländaren Dirk Kuyt. Slutrestultatet fastställdes till 2-1 och Milan tog därmed sin sjunde UEFA Champions League-titel. Milans lagkapten Paolo Maldini fick höja bucklan och Kaká blev skyttekung av turneringen med sina 10 mål på 14 framträdanden. Inzaghi blev stor matchvinnare med sina två mål.