Eksjö kommun bildades vid kommunreformen 1971 av Eksjö stad, Mariannelunds köping samt Höreda och Ingatorps landskommuner.[5]
1 januari 2005 överfördes fastigheten Arvidshög 1:1 från Eksjö kommun till Vetlanda kommun. Överföringen i avseende på församlingsindelningen skedde först 1 januari 2006, och fastigheten överfördes då från Kråkshults församling till Karlstorps församling.[6][7]
Eken syftar förmodligen på ortnamnet och finns på ett bevarat sigillavtryck från 1439. Vapnet fastställdes officiellt först 1949. Vid kommunbildningen 1971 fanns två vapen, detta för Eksjö stad och ett för Höreda landskommun. 1974 lät kommunen registrera det gamla stadsvapnet som kommunens vapen.
Kommunfullmäktige i Eksjö kommun har 49 ledamöter. Under kommunfullmärktige finns fem fasta beredningar som arbetar med framtids- och visionära frågor. Vid behov tillsätts tillfälliga beredningar.
Eksjö kommun har en stor offentlig sektor där 40 % av befolkningen arbetar. I Eksjö finns Eksjö Garnison och Höglandssjukhuset som är kommunens största arbetsgivare, bortsett från kommunen själv.
Förutom de formella vänorterna finns också andra internationella kontakter och projektpartners. Skolorna har kontakter på många olika platser, till exempel Eritrea, Nederländerna, Irland, Skottland, Tjeckien, Kenya och Tyskland.
Alytus län i Litauen är "vänlän" till Jönköpings län. Eksjö kommun är en aktiv part i olika länsprojekt med Alytus.